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story
日本。隠れ里に潜む忍者のハサシ・ハンゾウ（真田広之）は、家族と共に幸せに暮らしていた。しかし、宿敵ビ・ハン（ジョー・タスリム）に居場所を知られ、氷の術で妻ハルミ（篠原ゆき子）と息子サトシ（宮川蓮）を殺される。そしてハンゾウもついに殺られてしまう。瀕死のハンゾウが耳にしたのは、床に隠された赤ん坊の泣き声。残された娘を救ったのは、天界の守護者ライデン（浅野忠信）だった。
現代のシカゴ。コール・ヤング（ルイス・タン）は違法な総合格闘技の試合で闘い、賞金で暮らしていた。時には勝てる試合でわざと負けることもある。娘のエミリー（マチルド・キンパー）は父が強くなることを願い、妻のアリソン（ローラ・ブレント）は彼の安全を願っていた。そんな彼の試合ぶりを見ていた男ジャックス（メカッド・ブルックス）が声をかけてくる。彼はコールの胸にドラゴンの印があるのを確かめにきたのだ。
その時、待たせていた妻子に危険が迫っていた。氷を操る男サブ・ゼロ（ジョー・タスリム）が現れたのだ。彼は魔界を操るシャン・ツン（チン・ハン）の元で力をつけたビ・ハンだった。魔界は人間界の勇者と長年モータルコンバットの戦いを続け、9連勝していた。だが、10回目の試合でハンゾウの血をひく者に滅ぼされると預言されていた。サブ・ゼロはその者を見つけ出し、先に殺そうとしていたのだ。
ジャックスの援護でコールと家族は逃げることができたが、ジャックスはサブ・ゼロに凍った両腕を砕かれ瀕死の重傷を負ってしまう。一方、コールはジャックスから教えてもらった女性ソニア（ジェシカ・マクナミー）を訪ねる。ソニアはジャックスと共に陸軍の特殊部隊にいた精鋭だ。彼女はモータルコンバットの歴史を調べていた。そして、そこには極悪人の傭兵カノウ（ジョシュ・ローソン）が囚われていた。彼にもドラゴンの印があるのだ。
ソニアはモータルコンバットの秘密を探るため、ライデンの寺院へ行ったことがあるというカノウを騙して、コールを伴い旅発つ。それは、砂漠の中にあった。彼らを迎えたのは神秘的なリュウ・カン（ルディ・リン）だ。コールはライデンから、自分が白井流を継ぐハンゾウの子孫であることを知らされる。そして、ドラゴンの印を持つ彼らの真の力を引き出すための特訓が始まる…。
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